Piattaforme Tecnologiche a disposizione dei Dottorandi

Nanostring nCounter FLEX Analysis System (Diatech Pharmacogenetics). Tale strumentazione consiste in un sistema di misurazione diretta di RNA con quantizzazione assoluta, a partire da quantità iniziali di RNA molto piccole L’analisi dei profili di espressione di RNA (Trascrittomica) con metodiche ultrasensibili su campioni ematici o tissutali è ormai considerato un aspetto fondamentale nella medicina di Precisione, con particolare riferimento all’identificazione di biomarcatori prognostici e diagnostici in numerosissime patologie.

Facility di preparazione e manipolazione campioni istologici equipaggiata con:

Quanterix SIMOA SR-X Ultra-Sensitive Multiplexed Biomarker. Detection Warranty & Service Programs (Quanterix). Il “single molecule arrays” SIMOA è una tecnica ELISA ultrasensibile che consente di valutare una serie di biomarkers che hanno impatto nel management di pazienti neurologici, cardiologici, oncologici ed in generale in molte malattie infiammatorie ed infettive.

NovaSeq 6000. Il sistema NovaSeq 6000, apre una nuova era nel campo del sequenziamento grazie a innovazioni in grado di offrire agli utenti la processività, la velocità e la flessibilità per portare a termine i progetti in modo più veloce ed economico rispetto al passato. In particolare, sfruttando la tecnologia comprovata del sequenziamento di nuova generazione (Next-Generation Sequencing,NGS) possono essere gestiti diversi tipi di celle a flusso, due flussi di lavoro per il caricamento dell librerie e diverse combinazioni di lunghezza di lettura. Il sistema NovaSeq 6000 consente inoltre una processività scalabile ed efficace ed è adatto a praticamente ogni esigenza di studio. Le applicazioni che richiedono un elevato numero di dati, come il sequenziamento dell'intero genoma umano (Whole-Genome Sequencing,WGS), il sequenziamento dell'esoma estremamente profondo e la profilazione tumore-normale,possono ora essere completate in modo più efficiente in termini di costi. Per offrire ulteriore flessibilità, il flusso di lavoro NovaSeqXp supporta il caricamento di singole corsie per sequenziare diverse librerie in ciascuna corsia della cella a flusso. Quando utilizzato con celle a flusso con output più basso, lo stesso strumento può essere usato per metodi che necessitano di un minor numero di dati. Sia che venga utilizzato come singolo sistema NGS o insieme ad altri sistemi, il sistema NovaSeq 6000 apre nuove possibilità su un'ampia gamma di tipi di campione, metodi di sequenziamento e applicazioni. Il sistema offre output fino a 6 Tb e 20 milioni di letture in meno di due giorni.

QuantStudio 7 High-Throughput Real Time PCR (Thermofisher Scientific). Sistema di Real-Time PCR che consente la valutazione di più campioni (da 96 a 384) contemporaneamente ed in modalità “multiplex” con 5 canali diversi di fluorescenza.

Droplet Digital PCR QX200 (Biorad). Il sistema di droplet PCR digitale di seconda generazione di Bio-Rad offre la quantificazione assoluta delle molecole target di DNA o RNA utilizzando EvaGreen o sonde di idrolisi TaqMan con sensibilità e precisione per diverse applicazioni.

Incucyte® SX1 Live-Cell. Le applicazioni live-cell di Incucyte® forniscono una visione in tempo reale delle modifiche morfologiche e fenotipiche per studi di pathway e meccanicistici, osservando gli effetti del trattamento nel tempo e dipendenti dalla cellula. Lo strumento In grado di lavorare sia in campo chiara che in fluorescenza e con tipi cellulari diversi. Attraverso Incucyte è possibile valutare la morfologia ed il fenotipo delle cellule in tutte le fasi della coltura cellulare, nonché analizzare una vasta gamma di saggi fenotipici sulle cellule di interesse.

BIO X6 advanced extrusion 3D Bioprint (Cell Ink). Bio-stampante 3D ad estrusione con 6 ugelli che permette la generazione di tessuti complessi a partire da cellule o matrice extracellulari di interesse.

Nanosight PRO Nanoparticle Tracking Analysis (Malvern Preanalytical): consente la misurazione e la quantificazione di nanoparticelle. La combinazione di ingegneria avanzata e una serie di funzionalità avanzate garantisce che le misurazioni di nanoparticelle mediante NTA siano efficienti, veloci e accessibili a tutti gli utenti.Lo strumento è equipaggiato con il software NS Xplorer (dotato di AI) che consente misurazioni automatizzate, elimina la soggettività e fornisce dati di dimensioni e concentrazione della massima qualità sia per l'analisi di scattering luminoso che per quella di fluorescenza (lo strumento è equipaggiato con un laser ad emissione 488nm).

Bioanalyzer:
Il 2100 Bioanalyzer è uno strumento della ditta Agilent, la cui tecnologia ad elettroforesi permette di quantificare e determinare la purezza di DNA, RNA e proteine. Caratterizzato da elevata sensibilità e dalla capacità di generare dati di alta qualità, è il metodo di elezione per condurre analisi quantitative e qualitative su campioni che verranno successivamente utilizzati per sequenziamenti o saggi di espressione genica

ImmunoSpot:
S6 Ultimate è un Immunospot Analyzer della ditta CTL, la cui tecnologia consente di condurre numerosi saggi immunologici. Tra le più comuni applicazioni, vi sono il rilevamento di citochine rilasciate dalle cellule T (e.g., IFNγ, TNFα, IL-2, IL-10), o di immunoglobuline delle varie classi e sottoclassi secrete dalle cellule B (e.g., IgG1, IgG3, IgA1, IgM). In aggiunta all’identificazione degli analiti scelti, la tecnologia consente di quantificare, con risoluzione a singola cellula, la frequenza delle cellule secernenti tali molecole. I kit a disposizione danno la possibilità di studiare da un singolo analita per esperimento, fino ad un massimo di 4 analiti in contemporanea.

The Cytek® Northern Lights™. Il sistema Cytek® Northern Lights™ sfrutta la tecnologia a spettrale consentendo l'uso di un'ampia gamma di nuove combinazioni di fluorocromi. Il sistema Northern Lights™ fornisce dati ad alta risoluzione a livello di singola cellula per analizzare le popolazioni cellulari più rare, come le cellule con elevata autofluorescenza o bassi livelli di espressione di biomarcatori chiave, indipendentemente dalla complessità del saggio.

Visium Spatial Gene Expression . Lo strumento Visium Spatial Gene Expression, sviluppato dalla ditta 10x Genomics, è una tecnologia avanzata progettata per studiare i tessuti in base all'espressione dell'mRNA a livello spaziale. Questa innovativa piattaforma consente di mappare il trascrittoma all'immagine istologica dei campioni, sia in tessuti FFPE (fissati in formalina e inclusi in paraffina) sia in tessuti congelati freschi.

L'approccio di trascrittomica spaziale offerto dallo strumento Visium permette di analizzare tessuti sani e patologici, studiando l'espressione genica nei diversi compartimenti tissutali. Ciò consente non solo di identificare nuove popolazioni o sottopopolazioni cellulari, ma anche di correlare l’informazione molecolare alla struttura del tessuto, integrando dati morfologici e trascrittomici.

Inoltre, grazie alla sua elevata risoluzione, in particolare con il protocollo HD, Visium consente di analizzare il trascrittoma fino al livello di singola cellula o addirittura sub-cellulare, aprendo nuove prospettive nella ricerca biomedica e nella medicina personalizzata.