Documento di Progettazione del Dottorato

Il Dottorato in ‘Medicina Traslazionale e di Precisione’ ha come obiettivo quello di sviluppare il terzo livello di formazione del “Dipartimento di Scienze Mediche, Chirurgiche e Neuroscienze” dove operano dei gruppi particolarmente attivi nel contesto internazionale della ricerca e della applicazione clinica. Il dottorato con sede unica amministrativa Unisi e con una tipologia interdisciplinare ed innovativa ha come scopo quello di accrescere il valore dei dottorati UNISI di area scientifica, anche grazie al coinvolgimento di autorevoli docenti e ricercatori di Università straniere, con grande esperienza nei campi di ricerca oggetto di studio. In particolare l'obiettivo del dottorato è di formare dottori di ricerca preparati nei seguenti campi: bioinformatica ed informatica biomedica; scienze "omiche" (genomica, trascrittomica, proteomica, metabolomica ed interattomica); identificazione di biomarcatori e farmaci personalizzati; individuazione di nuovi meccanismi di malattia; sviluppo di modelli innovativi di malattia; sviluppo di tecnologie diagnostiche avanzate.Gli obiettivi potranno essere raggiunti grazie ad adeguate competenze scientifiche e formative presenti nel dipartimento e con il coinvolgimento di docenti e ricercatori esterni all’Unisi, avvalendosi anche di International Agreement. La ricerca che verrà svolta avrà come finalità la definizione ad es di marcatori biomolecolari e proteici nell'ambito di patologie croniche e autoimmuni al fine di ottenere maggiori informazioni sui meccanismi patogenetici delle malattie e per una migliore definizione della prognosi. L’identificazione di markers con valore clinico nell’ambito di queste patologie è una delle principali linee di ricerca nello scenario internazionale. Fra i principali obiettivi dello studio la definizione dei meccanismi di danno infiammatorio e immuno-mediato in corso di malattie autoimmuni, l’individuazione di nuovi markers (biochimici, molecolari, proteomici, ecc) per prevenire l’insorgenza e lo sviluppo di malattie e per una migliore definizione della loro prognosi Tra gli obiettivi della ricerca svolta nell'ambito del dottorato vi è l'identificazione di nuovi marcatori terapeutici per malattie infiammatorie e metaboliche nell'ambito della medicina di precisione che fornisce un approccio integrato e nuovo alla medicina che tiene conto delle differenze individuali, della variabilità genetica, dell’ambiente, delle caratteristiche del microbioma e dello stile di vita dellesingole persone. Il minuzioso processo di individuazione di terapie selettive e cure in modo soggettivo è la vera finalità di questi studi. La ricerca si porrà anche l'obiettivo di definire indicatori di risposta a specifici trattamenti farmacologici per un management individualizzato del paziente.

I profili professionali e gli sbocchi occupazionali in uscita sono stati già descritti al punto precedente. La Medicina di Precisione ha già offerto cure e trattamenti adeguati alle specifiche caratteristiche del paziente incluso in ambito oncologico. Il percorso formativo del dottorato in medicina traslazionale e di precisione sarà strutturato in funzione delle reali esigenze della scienza medica e dello studente e si baserà sull'integrazione fra formazione teorica e pratica. Il Dottorato in ‘Medicina Traslazionale e di Precisione’ ha come obiettivo quello di sviluppare il terzo livello di formazione del “Dipartimento di Scienze Mediche, Chirurgiche e Neuroscienze” dove operano dei gruppi particolarmente attivi nel contesto internazionale della ricerca e della applicazione clinica. Il dottorato con sede unica amministrativa Unisi e con una tipologia interdisciplinare ed innovativa ha come scopo quello di accrescere il valore dei dottorati UNISI di area scientifica, anche grazie al coinvolgimento di autorevoli docenti e ricercatori di Università straniere, con grande esperienza nei campi di ricerca oggetto di studio. In particolare l'obiettivo del dottorato è di formare dottori di ricerca preparati nei seguenti campi: bioinformatica ed informatica biomedica; scienze "omiche" (genomica, trascrittomica, proteomica, metabolomica ed interattomica); identificazione di biomarcatori e farmaci personalizzati; individuazione di nuovi meccanismi di malattia; sviluppo di modelli innovativi di malattia; sviluppo di tecnologie diagnostiche avanzate. Gli obiettivi vengono raggiunti grazie ad adeguate competenze scientifiche e formative presenti nel dipartimento e con il coinvolgimento di docenti e ricercatori esterni all’Unisi, avvalendosi anche di International Agreement. La ricerca ha come finalità la definizione di marcatori biomolecolari e proteici nell'ambito di patologie croniche e autoimmuni al fine di ottenere maggiori informazioni sui meccanismi patogenetici delle malattie e per una migliore definizione della prognosi. L’identificazione di markers con valore clinico nell’ambito di queste patologie è una delle principali linee di ricerca nello scenario internazionale. Fra i principali obiettivi dello studio la definizione dei meccanismi di danno infiammatorio e immuno-mediato in corso di malattie autoimmuni, l’individuazione di nuovi markers (biochimici, molecolari, proteomici, ecc) per prevenire l’insorgenza e lo sviluppo di malattie e per una migliore definizione della loro prognosi Tra gli obiettivi della ricerca svolta nell'ambito del dottorato vi è l'identificazione di nuovi marcatori terapeutici per malattie infiammatorie e metaboliche nell'ambito della medicina di precisione che fornisce un approccio integrato e nuovo alla medicina che tiene conto delle differenze individuali, della variabilità genetica, dell’ambiente, delle caratteristiche del microbioma e dello stile di vita delle singole persone. Il minuzioso processo di individuazione di terapie selettive e cure in modo soggettivo è la vera finalità di questi studi. La ricerca si porrà anche l'obiettivo di definire indicatori di risposta a specifici trattamenti farmacologici per un management individualizzato del paziente.

Il calendario delle attività formative è condiviso con i dottorandi (sito web e drive condiviso) e aggiornato con regolarità dalla segreteria. Per ogni evento viene prodotta una locandina che viene inviata a tutti i dottorandi come promemoria. Studiosi ed esperti italiani e stranieri svolgono attività seminariali dedicate ai nostri dottorandi che prendono parte anche a tutte le iniziative formative promosse dal dipartimento. Gli insegnamenti previsti nell’iter formativo sono comprensivi sia di insegnamenti frontali che attività di tirocinio in laboratorio.  Altre attività didattiche (seminari, attività di laboratorio e di ricerca, formazione interdisciplinare, multidisciplinare e transdisciplinare) vengono regolarmente svolte secondo un calendario che prevede almeno 2 seminari al mese in cui si facilita la discussione e il confronto scientifico. Le attività formative frontali di base previste per gli allievi del Dottorato prevedono la partecipazione a corsi dedicati agli allievi. È fortemente incoraggiata anche la partecipazione a eventi congressuali organizzati dal collegio dei docenti, a convegni tematici e trasversali. I dottorandi partecipano a una serie di giornate formative organizzate da UNISI dedicate alla  valorizzazione dei risultati della ricerca e della proprietà intellettuale, dirette ai ricercatori ed agli allievi dei corsi di dottorato. Partecipano inoltre ad una serie di giornate di formazione dedicate alla gestione della ricerca, della conoscenza dei sistemi di ricerca e dei sistemi di finanziamento, dirette ai ricercatori ed agli allievi dei corsi di dottorato. Gli allievi di dottorato possono essere coinvolti in attività di preparazione dei progetti di ricerca PRIN  e dei progetti di mobilità finanziati dagli atenei. L'attività di ricerca del dottorato può prevedere l'uso di programmi per l'analisi di dati ottenuti da sperimentazioni didattiche (SPSS, Mathematica, MatLab, codici dedicati, etc.) e per simulazioni e l'utilizzo dei principali Learning Management System. La formazione in tal senso è curata dai tutor e docenti del dottorato.  Il CLA (Centro Linguistico di Ateneo di Unisi) organizza corsi di formazione linguistica aperti agli allievi dei corsi di dottorato. Inoltre, il CLA fornisce corsi di Italiano per stranieri aperti agli studenti stranieri dei corsi di dottorato. I dottorandi partecipano ai corsi di formazione trasversali/soft skills promossi da UNISI, affinché le loro competenze di ricerca non siano indirizzate solamente alla ricerca accademica, ma anche al mondo economico allargato, con particolare attenzione al settore produttivo e del lavoro. La programmazione delle lezioni trasversali inerenti le soft skills (competenze trasversali), riguarda approfondimenti su argomenti che sono obbligatori nell’ambito della formazione superiore europea, per facilitare l’applicazione, lo sviluppo e il trasferimento delle conoscenze scientifiche dello specifico percorso di studio, in modo da essere funzionali sia all’attività di ricerca che all’inserimento nel mondo del lavoro. Tutti i dottorandi vi partecipano, in particolare quelli del primo e del secondo anno. Il collegio del Corso di Dottorato ha proposto e attuato un percorso di formazione per i dottorandi coerente con gli obiettivi formativi e le risorse disponibili. Secondo il calendario annuale fornito dalla segreteria del dottorato, gli studenti partecipano a 2 seminari al mese in cui si facilita la discussione e il confronto scientifico. L’attività seminariale è svolta in presenza presso il polo didattico della AOUS e presso il polo di San Miniato: è prevista anche con modalità online per gli studenti che effettuano il loro percorso all’estero. I seminari affrontano tematiche della medicina di precisione e traslazionale e sono tenuti dai docenti afferenti al collegio del dottorato, e da colleghi italiani ed esteri di prestigio. Ad ogni seminario vengono anche presentati da ciascun dottorando i risultati conseguiti nel suo percorso di ricerca. L'attività si svolge con regolarità con seminari di area medica, chirurgica, di neuroscienze e di medicina traslazionale e ricerca di base I seminari si occupano di quelle attività che partendo dal letto del paziente e attraverso il laboratorio ritornano per essere utilizzate in clinica e nella comunità. I seminari potranno essere svolti anche da personale esperto nell'impiego di piattaforme tecnologiche integrate volte a implementare le biobanche e a standardizzare dei sistemi integrati di bioinformatica e big data management I seminari vengono effettuati prevalentemente in lingua inglese e registrati affinché risultino materiale didattico per gli iscritti al dottorato. Numerosi esperti nazionali e internazionali hanno partecipato ai seminari di dottorato (prof Prasse, prof Mantovani, prof  Kabanova, prof Regazzi, etc). L’attività seminariale garantisce anche la possibilità di confronto fra i dottorandi, con i loro tutors e con i docenti, facilitando l’integrazione nel mondo accademico. Il calendario dei seminari è condiviso con i dottorandi e l’invito a ciascun appuntamento viene diffuso dalla segreteria del dottorato via email. Alcuni seminari vengono diffusi ai docenti del dipartimento tramite posta elettronica. La presenza e la partecipazione costante dei dottorandi è verificata dal tutor responsabile del dottorando, dalle certificazioni di partecipazione a congressi, workshop e attestati di frequenza rilasciati dal CLA Unisi e dal Santa Chiara Lab. 

I dottorandi partecipano alle lezioni e ai seminari a loro dedicati e diventano al contempo relatori essendo chiamati a presentare il risultato delle loro ricerche scientifiche alla fine di ogni anno accademico a colleghi, docenti e in certe occasioni ad esperti del loro settore. Questa attività di divulgazione diventa una valutazione dell’attività svolta da parte dei tutors e membri del collegio. Il dottorando invece durante l’ultimo anno di corso deve inoltrare la domanda al collegio dei docenti di ammissione alla prova finale e la sua tesi sarà redatta in lingua inglese e i valutatori della tesi saranno almeno 2 docenti di elevata qualificazione anche appartenenti a atenei esterni, secondo il documento UNISI di istruzioni e conseguimento titolo per candidati agg. 01/11/2022.

Le attività di formazione collegiali ed individuali sono specifiche del progetto di ricerca e di carattere generale. Il progetto formativo prevede sei insegnamenti con verifica finale e comprendono: Meccanismi patogenetici delle malattie flogistiche e immunitarie, Patologie di interesse metabolico ed endocrino, Malattie immunomediate, oncologiche ed oncoematologiche: aspetti farmacologici, Lo studio dei marcatori di prognosi e risposta al trattamento nella medicina di precisione, Biobanca e big data management e Corsi trasversali. Altre attività didattiche comprendono seminari, attività di laboratorio e di ricerca, formazione interdisciplinare, multidisciplinare e transdisciplinare.

Attività didattica programmata ed insegnamenti previsti  1.Meccanismi patogenetici delle malattie flogistiche e immunitarie 240 primo anno secondo anno terzo anno L'insegnamento verterà sui meccanismi fisiopatologici, i criteri diagnostici e l’efficacia dei farmaci immunosoppressori nel trattamento delle malattie autoinfiammatorie e del M. di Bechet. Meccanismi della fibrosi nella sclerodermia, ruolo dello stress ossidativo e nuovi farmaci antiossidanti. Valutazione dell’efficacia di nuovi farmaci biotecnologici e di small molecules nell’artrite reumatoide e nelle spondiloartriti. Fisiopatologia delle reazioni autoimmunitarie delle immunoterapie oncologiche e loro trattamento. Ruolo della micro-RNA nell’osteoartrosi. Studi di proteomica per l’identificazione di biomarkers per le patologie polmonari su base immunitaria. Basi biologiche ed immunologiche del trapianto di polmone; studio in vivo ed in vitro di nuovi farmaci biotecnologici. Studio della risposta immunologica (immunità cellulare, umorale e cellule memoria) a vaccini contro l’influenza stagionale e quella pandemica e per il covid. Validazione di nuove metodologie di imaging non invasivo in dermatologia pediatrica, neonatale e geriatrica; sviluppo e validazione di una piattaforma informatica di teledermoscopia per la diagnosi precoce del melanoma e sviluppo di una piattaforma di telemedicina. Studio di artificial intelligence applicato a modelli di apprendimento dermatologico su imaging recognition e deep learning based-algorithms. Test di validazione e di uso clinico di nuove matrici dermiche acellulari, liofilizzate e criopreservate, di bioprodotti di banca della pelle, cute e derma omologhi, ipo- o acellulari. Allestimento di modelli cutanei organo tipici in vitro per lo studio della psoriasi volgare, della sclerodermia localizzata e della vitiligine. SI 2. Patologie di interesse metabolico ed endocrino 240 primo anno secondo anno terzo anno meccanismi di danno infiammatorio e immuno-mediato delle isole pancreatiche in corso di diabete mellito; caratterizzazione della risposta autoimmunitaria nel diabete di tipo 1 ed in altre endocrinopatie autoimmuni; identificazione e caratterizzazione di nuove fonti di cellule insulino-secernenti; ruolo dei microRNA nella patogenesi del diabete tipo 1 e marcatori di malattia in corso di diabete di tipo 1 2 tipo 2. Ricerca di nuovi marcatori e profilo genetico per l’individuazione precoce di pazienti con il cancro della turoide e correlazione con i dati di outcome. Importanza dei polimorfismi della desiodasi e del trasportatore MCT10 nell’ipotiroidismo post-chirurgico. Individuazione di un pannello genico predisponente all’obesità e ricerca di polimorfismi ancestrali (dall’uomo di Neanderthal all’uomo moderno) responsabili della malattia. Effetti della terapia con idrocortisone a rilascio modificato nei pazienti con insufficienza surrenalica (primitiva e secondaria) con particolare focus sull’analisi del proteoma. Numero di ore totali sull’intero ciclo Distribuzione durante il ciclo di dottorato (anni in cui l’insegnamento è attivo) Descrizione del corso Eventuale curriculum di riferimento Per i dottorati nazionali: percorso formativo di elevata qualificazione Verifica finale Note potenziale marker di adeguatezza della terapia sostitutiva con glucocorticoidi. MicroRNAs circolanti come nuoci biomarcatori per la diagnosi, la prognosi e la terapia del carcinoma midollare della tiroide. Caratterizzazione clinico patologica e molecolare del carcinoma papillare familiare della tiroidee confronto con il carcinoma papillare sporadico. Osteoporosi, malattia ossea di Paget e osteomalacia: epidemiologia, genetica, fisiopatologia, comoborlità, markers di rimodellamento osseo, studio degli ormoni calciotropi e del metabolismo della vitamina D, effetti della terapia antiriassorbitiva e anabolica, mutazioni del gene IHH e PKD1. 3.Malattie immunomediate, oncologiche ed oncoematologiche: aspetti farmacologici 240 primo anno secondo anno terzo anno Un campo di interesse comune per molti ricercatori dei settori MED/9, MED/10, MED/13, MED/15, MED/16 ed altri è rappresentato dalla Farmacologia Clinica per lo studio di farmaci per il trattamento delle malattie immuno-mediate e dell’onco-ematologia, come, ad esempio i trials clinici per la terapia dei carcinomi tiroidei refrattari mediante l’uso di inibitori delle tirosino-chinasi. SI 4. Lo studio dei marcatori di prognosi e risposta al trattamento nella medicina di precisione 240 primo anno secondo anno terzo anno I nuovi markers (biochimici, molecolari, proteomici, ecc) per prevenire l’insorgenza e lo sviluppo di malattie immunologiche, infiammatorie ed oncologiche (incluso K gastrici, neoplasie delle vie respiratorie e neoplasie del sistema nervoso centrale) e non oncologiche, come patologie del sistema endocrino, diabete mellito, asma bronchiale, fibrosi polmonare, malattie rare. Il Dottorato in oggetto intende formare ricercatori e professionisti in possesso di conoscenze specifiche in questi e altri settori della ricerca traslazionale, incluso l’oncologia e la radioterapia, lo studio delle immagini e delle applicazioni delle sostanze radioattive nella visualizzazione, caratterizzazione e quantificazione dei processi biologici a livello cellulare e subcellulare per la diagnosi di patologie oncologiche. SI 5. Biobanca e big data management 240 primo anno secondo anno terzo anno Conoscenza delle piattaforme esistenti tecnologiche integrate Studio della Bio Banca e del sistema integrato di Bioinformatica e Big data management per la raccolta e la strutturazione dei dati. Omic data, gestione di registri clinici. SI 6. Corsi trasversali 60 primo anno secondo anno terzo anno corsi soft skill per dottorandi organizzati dall'Università di Siena (perfezionamento linguistico e informatico, attività nel campo della didattica, della gestione della ricerca e della conoscenza dei sistemi di ricerca europei e internazionali, della valorizzazione e disseminazione dei risultati, della proprietà intellettuale e dell’accesso aperto ai dati e ai prodotti della ricerca e dei principi fondamentali di etica e integrità) SI Riepilogo automatico insegnamenti previsti nell’iter formativo 

Tra le altre attività didattiche, oltre ai seminari e le attività di laboratorio e le competenze linguistiche, vi sono: il perfezionamento informatico L'università organizza corsi trasversali comuni a tutti i dottorati per l'approfondimento e per l'acquisizione di competenze informatiche anche al fine di sviluppare le competenze di project management dei progetti di ricerca. Il dottorando dovrebbe acquisire competenze anche nel coordinare i progetti trasversali a piu' unita' organizzative ove l'informatica svolga un ruolo critico e strategico. 5. Gestione della ricerca e della conoscenza dei sistemi di ricerca europei e internazionali L'ateneo organizza moduli formativi di base trasversali per la valorizzazione della ricerca, la conoscenza delle risorse elettroniche specialistiche e dei servizi offerti dalle biblioteche per il recupero di materiale documentale e la realizzazione e gestione di progetti di ricerca in modo da favorire l'acquisizione di complementary skills richieste a livello europeo procedure, buone prassi, moduli, indicazioni relativi all’intero ciclo di vita di un progetto di ricerca, così da garantire una base comune a livello di Ateneo per tutti coloro che sono coinvolti nella presentazione e gestione di progetti di ricerca “istituzionale” su bandi competitivi esterni e per una più chiara ed efficiente gestione di tali opportunità di finanziamento. 6. Valorizzazione e disseminazione dei risultati, della proprietà intellettuale e dell’accesso aperto ai dati e ai prodotti della ricerca L'ateneo organizza corsi per l'approfondimento delle norme relative alla valorizzazione e diffusione della ricerca scientifica, alla tutela dei risultati e della proprietà intellettuale e alle modalità di brevettazione in campo nazionale e internazionale. Principi fondamentali di etica, uguaglianza di genere e integrità Nelle attività didattiche e formative del dottorato verranno rigorosamente applicati i criteri previsti dal CODICE ETICO DELLA COMUNITÀ UNIVERSITARIA(Emanato con D.R. n. 1381 del 28 luglio 2011; pubblicazione nel B.U. n. 94) che individua i principi di correttezza indispensabili per il migliore svolgimento della missione formativa e scientifica dell’Ateneo. Sono da tenere presenti, in particolare, la Carta di ateneo dei diritti e doveri degli studenti, il Codice di condotta contro le molestie sessuali nei luoghi di studio e di lavoro dell’Università di Siena, la Carta europea dei ricercatori, le Direttive europee sulle pari opportunità e sul divieto di discriminazioni nei luoghi di lavoro.

Il calendario delle attività formative è disponibile sul sito web del dottorato.